Med industrialiseringen i 1800-tallet blev havnen stadigt mere forurenet. Mængden af spildevand gjorde badegæster syge, og det førte i 1950’erne til et forbud mod al badning i havnen. I 1990’erne blev der investeret over 1 milliard kr. i nye kloaksystemer.
Når kloakkerne i dag er ved at være fyldt op, ledes det beskidte regn- og kloakvand ned i de underjordiske bassiner, indtil der igen er plads i kloakken, og vandet kan komme videre ud til rensningsanlægget. Den forbedrede vandkvalitet førte i 2002 til åbningen af det første havnebad, og i dag er der 16 badesteder i havnen med fin vandkvalitet.